До выхода версии Skype  4.2.0.163 от 27 апреля 2010 года единственной возможностью полностью свернуть Skype в трей была установка совместимости программы с Windows Vista (Service Pack 2):

Закрываем Skype, щелкаем правой кнопкой на ярлыке Skype, выбираем Свойства (Properties), далее закладку Совместимость (Compatibility). Устанавливаем режим совместимости с Windows Vista (Service Pack 2). Сохраняем настройки и запускаем Skype.

Но к выходу последнего релиза Skype  4.2.0.163 разработчики учли пожелания пользователей и добавили необходимую опцию в настройках программы.

Теперь если вы не жалаете постоянно видеть Skype в панели задач, просто зайдите в меню: Настройки — Инструменты — Дополнительно и снимите галочку в пункте: Не убирать Skype из панели задач, когда я в сети.